Miesto, na ktorom v súčasnosti stojí kláštor, bolo obývané už vo veľkomoravskom období.

Prvýkrát sa opátstvo spomína v roku 1075. Význam pamiatky podčiarkuje aj rozsiahlosť majetkov, uvedených v zakladacej listine, ktoré kláštoru daroval uhorský kráľ Gejza. Rozsah majetkov sa v neskorších časoch veľmi zmenil.

Kláštor bol postavený na strategickom mieste, tzv. slovenskej bráne, v blízkosti významných obchodných ciest vedúcich údolím Hrona k banským mestám.

Kráľ sem povolal benediktínov, zručných v remeslách i poľnohospodárstve. Tí sa pre krajinu stali priekupníkmi jednak na poli duchovnom, ale aj kultúrnom. Benediktínske opátstvo v Hronskom Beňadiku sa okrem toho stalo majiteľom bohatých nálezísk vzácnych rúd v oblasti. Medzi rehoľníkmi sa objavili odborníci na metalurgiu, baníctvo, technické či sakrálne stavby, mnohé napr. v Banskej Štiavnici stoja dodnes.

V roku 1209 majetky opátstva potvrdil pápež Inocent III., čím jeho význam stúpol. V listine pápeža sa už spomína malá obec, vystavaná pod kláštorom.

Areál kláštora mal tradičný štvorkrídlový pôdorys s krížovou chodbou okolo rajského dvora a kostolom na severnej strane.

V 14. storočí však podľahol hlodavému zubu času. Nový kostol bol pravdepodobne vystavaný v časoch opáta Sigfrída a jeho nástupcov, po roku 1330. Prestavba trvala dlhšiu dobu a tak mohol byť konečne vysvätený až v roku 1483.

Príchodom Turkov do okolia Hronského Beňadika sa stali priamo ohrozenými aj banské mestá. V priebehu 16. storočia sa preto kláštor postupne menil na renesančnú pevnosť. V rokoch 1565 – 1588 prestavali aj kostol na viacpodlažnú delovú baštu. K objektu pribudli kasárne, sklady, mlyn na pušný prach, strážnica aj ďalšie bašty. O svoj pevnostný charakter stavba prišla pravdepodobne v 50. – 60. rokoch 18. storočia.

Medzičasom kláštor postupne opúšťali poslední benediktíni až sa v roku 1565 dostal pod správu ostrihomskej kapituly.

K ďalšej prestavbe pomaly sa rozpadávajúcej pevnosti došlo po roku 1752. Z tohto obdobia pochádza dnešná veľká sýpka, keďže obilné trhy sa tešili veľkej obľube a banské mestá sa cez Hronský Beňadik zásobovali.

V roku 1882 sa začala veľká rekonštrukcia pod vedením šopronského architekta Franza Storna st. a jeho synov, staviteľa Kolomana a maliara Franza ml. Išlo najmä o regotizáciu objektu v zmysle vtedajších pamiatkových metód.

Počas nej však boli objavené základy pôvodnej románskej trojloďovej baziliky z 11. storočia. Od terajšieho chrámu bola užšia o severnú loď a kratšia o apsidu. Zaberala však i polovicu krížnej chodby vedľa južnej lode. Slúžila len potrebám rehoľníkov, keďže územie obce Hronský Beňadik v tom čase nebolo obývané.

V 20. storočí v kláštore pôsobila rehoľa saleziánov. V roku 1951 tu boli internované rehoľné sestry z Kongregácie Božského Vykupiteľa. Potom sa opäť vrátili saleziáni, ktorí tu pôsobili do roku 1999, vtedy kláštor prebrala rehoľa pallotínov.
X